Ensuite, pendant plus de deux siècle, saint Pothin semble avoir été complètement oublié... jusqu’au 18ème siècle où son souvenir réapparaît. En 1737, en réponse à une demande de l’archevêque de Lyon, le Roi crée sur la Croix Rousse, le séminaire de saint Pothin "en faveur des prêtres caducs et infirmes du diocèse de Lyon", qui fut transféré à l’ Ile-Barbe, à la suite de la suppression du chapître de l’ile, pour assurer le service divin et acquitter les fondations. Il sera supprimé 1782.
En 1791, au début de la Révolution française, pour appliquer la Constitution civile du Clergé décrétée par l’Assemblée constituante et modeler les circonscriptions religieuses sur les circonscriptions administratives et électorales, le nom de saint Pothin fut donné à l’une des nouvelles paroisses, dans le centre de Lyon, celle qui correspondait alors au canton de l’Hôtel-Dieu, entre saint-Nizier, au nord et saint-Martin d’Ainay. L’église du couvent des Jacobins lui fut attribuée comme lieu de culte. Mais cette paroisse n’eut qu’une durée éphémère : elle ne survécut pas à la période révolutionnaire Le curé, élu, l’abbé Antoine Dunand, né à Lyon et baptisé à Ainay, fut guillotiné place des Terreaux le 1er décembre 1793 (11 frimaire de l’an II), à l’âge de 42 ans après le siège de Lyon pour participation active à la révolte contre la Convention. A noter qu’il avait rétracté son serment.
Le XIXème siècle vit le renouveau du culte rendu à Pothin fut l’objet d’une grande vénération, notamment après la visite du pape Pie VII au cachot de saint Pothin en 1805. L’église saint Pothin actuelle, de style néoclassique date de 1842. En 1877 pour le 17ème centenaire de sa mort, le cachot sera restauré par l’architecte sainte-Marie Perrin, son vestibule pavé d’une mosaïque, l’asile de l’Antiquaille transformé en hopital de quartier baptisé du nom du saint et le pèlerinage du 2 juin fera l’objet d’une indulgence pleinière. Aujourd’hui, les travaux préparent l’ouverture, prévue en 2013, d’un espace culturel, à la fois lieu de mémoire et parcours historique, dédié au christianisme lyonnais.
Aujourd’hui, le nom de saint Pothin n’apparait dans aucun des lieux publics de la ville de Lyon : la place saint-Pothin fut rebaptisée Edgar Quinet en 1901, les deux rues saint-Pothin de la Croix Rousse fuerent rebaptisées autour de 1910, rues Philippe-de-La-Salle et Jean Revel. Deux statues restent visibles dans notre quartier, l’une de 1864, à l’angle de la place Edgar-Quinet et de l’avenue de Saxe, l’autre sur la façade de l’immeuble situé au n° 90 de la rue Pierre Corneille. En revanche, un certain nombre d’édifices religieux maintiennent le souvenir de saint Pothin, comme l’église d’Amplepuis. Dans les églises, saint Pothin et ses compagnons au début du XIXème ont souvent inspiré les artistes. Une « œuvre de saint Pothin » a même été créée pour pour la construction d’églises. d’après René Mouterde